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Bactérie / Germe / Micro-organisme / Microbe / Parasite / Virus

Tous ces termes appartiennent au vocabulaire de l’infectiologie.


Bactérie, parasite et virus désignent des êtres microscopiques que l’on peut classer dans des catégories plus vastes désignées par les termes  de germe, de microbe ou de micro-organisme.


Germe, microbe, micro-organisme

Un micro-organisme est un organisme vivant qui n’est pas visible à l’œil nu ; il faut un microscope pour l’observer. On parle également de microbe. Ces deux termes englobent les bactéries et les parasites, mais aussi certaines plantes microscopiques comme les algues vertes ainsi que certains champignons microscopiques. On débat sur le fait de savoir s’il faut y inclure les virus, car pour de nombreux microbiologistes, il ne s’agirait pas d’êtres vivants (d’ailleurs les virus ne se reproduisent pas, ils se répliquent).

Un germe désigne l’ensemble des micro-organismes à l’origine de maladies infectieuses : bactérie, parasite, virus. Ce sont donc des agents infectieux. Les moyens dont on dispose pour combattre les agents infectieux ne sont pas les mêmes selon qu’il s’agit d’une bactérie (antibiotiques), d’un parasite (traitements spécifiques) ou d’un virus (vaccination et antiviraux). Et, dans tous les cas, les règles d’hygiène (lavage des mains notamment) restent essentielles dans la prévention.

Une petite précision linguistique : le pluriel de l’expression germe banal est germes banals, et non pas germes banaux comme on l’entend trop souvent (le pluriel de banal est banals quand le sens est celui d’ordinaire, et banaux quand le sens est relatif au ban: fours banaux par exemple).

La discipline clinique qui traite des maladies infectieuses est l’infectiologie ; en revanche, en microbiologie, on distingue la bactériologie, la parasitologie et la virologie, disciplines de laboratoire.

La virulence désigne la capacité d’un germe à se développer dans l’organisme. Ce mot s’applique à tous les germes, et pas seulement aux virus, comme on pourrait le croire.

Bactérie

Les bactéries sont donc des micro-organismes vivants, que l’on trouve dans tous les milieux. Elles sont la plupart du temps unicellulaires et toujours procaryotes, c’est-à-dire dépourvues de noyau.

Les bactéries peuvent être classées de différentes façons.

En leur appliquant la coloration de Gram (mise au point par le bactériologiste danois Gram), on distingue des bactéries Gram positif (G+), et des bactéries Gram négatif (G-).

La plupart des bactéries ont besoin d’oxygène pour se développer ; elles sont aérobies ; certaines, comme le clostridium perfringens, se développent en l’absence d’oxygène ; elles sont anaérobies. Lorsqu’un abcès est dû à un germe anaérobie, il dégage une odeur pestilentielle caractéristique.

Les bactéries ont des formes spécifiques, que l’on peut regrouper en trois catégories : les coques (cocci), sphériques, comme le streptocoque ou le staphylocoque ; les bâtonnets ou bacilles, comme le colibacille ou le bacille de Koch ; les spirales (vibrions, comme le germe responsable du choléra (vibrion cholérique), spirilles et spirochètes).

On remarque qu’il arrive que bacille soit employé dans le sens plus générique de bactérie (BGN : bacille Gram négatif pour bactérie Gram négatif).

La distinction la plus importante à faire en infectiologie sépare les bactéries pathogènes des non pathogènes. Les bactéries pathogènes sont responsables du développement de maladies infectieuses, alors que les bactéries commensales vivent en parfaite harmonie avec leur hôte, comme les bactéries présentes en abondance dans le tube digestif (la flore intestinale), et qui sont indispensables à son bon fonctionnement. Les bactéries commensales peuvent devenir pathogènes dans certaines circonstances, comme une antibiothérapie qui va déséquilibrer la flore intestinale et donner lieu à de la diarrhée en sélectionnant une bactérie aux détriments des autres.

Il ne faut pas confondre commensal et saprophyte (qui se nourrit de matière organique) : les bactéries saprophytes sont habituellement commensales, mais peuvent parfois être pathogènes, comme le clostridium tetani, responsable du tétanos.

Les bactéries portent toutes des noms latins, avec un équivalent en français : l’escherichia coli est le colibacille, le staphylococcus aureus le staphylocoque doré, le pseudomonas aeruginosa  le redoutable bacille pyocyanique, etc…

Certaines bactéries portent le nom du bactériologiste (ou bactériologue, car les deux se disent) qui les a identifiées : le bacille de la tuberculose s’appelle bacille de Koch. Il arrive que ce nom propre soit latinisé, comme celui de notre grand Pasteur qui a donné son nom au genre Pasteurella, germe responsable de maladies appelées pasteurelloses (en revanche, Pasteurella tularensis, responsable de la tularémie, a été débaptisée, et s'appelle maintenant Francisella tularensis).

Les agents qui combattent les bactéries le font de deux façons : soit en les tuant, soit en empêchant leur prolifération. Le premier mécanisme est la bactéricidie, le second la bactériostase.

Les désinfectants sont bactéricides, mais ne s’emploient que sur des surfaces inertes. Les médicaments qui combattent les bactéries sont des antibiotiques, qu’ils soient bactéricides ou bactériostatiques. Comme on le sait, les bactéries ont élaboré des mécanismes de résistance aux antibiotiques, essentiellement par mutations, d’autant plus problématiques qu’il y a une importante surconsommation d’antibiotiques. Le maximum de ce problème est représenté par les bactéries multirésistantes, les redoutables BMR. Les plus résistantes se voient même qualifier de « superbactérie », comme la NDM-1.

Parasite

Un parasite est un organisme animal ou végétal qui ne peut vivre qu’aux dépends d’un organisme hôte, d’une espèce différente, et cela soit de manière permanente, soit pendant une phase de son cycle vital. Dans ce sens, un virus est un parasite.

On ne s’intéressera ici qu’aux parasites pathogènes pour l’homme, responsables de maladies parasitaires (ou parasitiques). On rappellera ici que la maladie infectieuse la plus fréquente et la plus grave en termes de mortalité est le paludisme, maladie due à un parasite, le plasmodium, véhiculé par un moustique, l’anophèle femelle.

Trois types d’agents peuvent être à l’origine des parasitoses : les protozoaires, unicellulaires ; les métazoaires, pluricellulaires ; les arthropodes, qui servent souvent de vecteurs.

Les modes de contamination sont variés : voie buccale ; piqûre d’insecte ; voie pulmonaire ; contamination directe d’une plaie par des œufs.

Les parasitoses provoquées par de vers intestinaux (notamment nématodes et trématodes) sont des helminthiases.

Il y a trop de parasitoses pour les citer toutes ; on se contentera donc d’énumérer, par ordre alphabétique, les plus fréquentes, en sachant que ces maladies sont plutôt rares en Europe, alors qu’elles sont extrêmement fréquentes dans les pays chauds (Afrique, Asie du Sud-Est, Amérique du Sud).

  1. Amœbose ou amibiase, due à une amibe : Entamoeba histolytica.
  2. Anguillulose ou strongyloïdose, due à un nématode (ver rond) minuscule : Strongyloides stercoralis.
  3. Ascaridiose, due à nématode de grande taille : Ascaris.
  4. Bilharziose ou schistosomiase, due à un ver hématophage, le schistosome.
  5. Distomatose, provoquée par des douves (ou distomes) qui sont des trématodes (vers plats). Parmi les distomatoses, citons la douve du foie : Fasciola hepatica.
  6. Echinococcose, due à un ver plat, l’échinocoque. En Europe, on observe surtout la forme appelée kyste hydatique, provoquée par Echinococcus granulosus.
  7. Filarioses, provoquées par des nématodes appelés filaires. Il en existe de différentes sortes, notamment la filariose lymphatique, responsable d’un éléphantiasis, les filarioses cutanées (loase et onchocercose), les filarioses des séreuses.
  8. Gale ou scabiose, due à un acarien, le sarcopte ; elle reste fréquente en France, en milieu communautaire (écoles, hôpitaux, etc.).
  9. Giardiase (giardiose) ou lambliase, due à un protozoaire flagellé : Giardia intestinalis.
  10. Leishmaniose, due à des protozoaires flagellés appartenant au genre Leishmania, de la famille des Tripanosomatidae.
  11. Maladie de Lyme, ou borréliose de Lyme, due à des bactéries du genre Borrelia ; c’est donc une maladie bactérienne, mais également une parasitose car la bactérie est le parasite de la tique, qui l’inocule à l’homme.
  12. Oxyurose, parasitose digestive très fréquente, notamment chez l’enfant, due à un ver, Enterobius vermicularis ou oxyure. C’est la parasitose la plus répandue en France.
  13. Paludisme, également appelé malaria dans les pays anglophones (mal’aria, en italien, c’est le « mauvais air »). Il est dû à un parasite du genre Plasmodium, inoculé par la piqûre de certaines espèces de moustiques anophèles femelles. Avec plus de 200 millions de patients atteints, et plus de 600 000 décès par an, c’est le problème de santé majeur dans le monde. Mais cette maladie concerne essentiellement des pays pauvres, d’où le manque de moyens mis en œuvre pour l’éradiquer.
  14. Pédiculose corporelle et pédiculose du cuir chevelu, provoquées par les poux ; la pédiculose pubienne est due aux tristement célèbres morpions.
  15. Téniasis  (ou tæniasis), helminthiase causée par la présence dans le tube digestif d’un tænia, également appelé ver solitaire, cestode plat pouvant avoir de très grandes dimensions (jusqu’à 10 m !). Il existe différents tænias (du bœuf, du porc, etc.). Les échinocoques (cf. supra) sont des larves de tænias de petite taille.
  16. Toxoplasmose, due au protozoaire Toxoplasma gondii. La toxoplasmose est transmise par la mère au fœtus ; le risque pour celui-ci dépend de l’âge de la grossesse au moment de la contamination.
  17. Trichocéphalose ou trichiurose, due à un nématode (ver rond), Trichuris trichuria.
  18. Trypanosomiase africaine ou maladie du sommeil, due à l’inoculation d’un trypanosome par l’intermédiaire de la mouche tsé-tsé.
  19. Trypanosomiase américaine (brésilienne) ou maladie de Chagas : Trypanosomia crusi.

Les maladies parasitaires sont des parasitoses, de même que les maladies virales sont des viroses. En revanche, il n’y a pas de terme équivalent pour les maladies bactériennes.

Parasitologie et médecine tropicale

La prise en charge des parasitoses relève de deux spécialités : la parasitologie, qui est une discipline de laboratoire, au même titre que la bactériologie et la virologie, et la médecine tropicale qui est la discipline clinique qui prend en charge la prévention, le diagnostic et le traitement des maladies tropicales, dont la plupart sont des parasitoses. Ces services de médecine tropicale sont peu nombreux, car si les maladies tropicales sont extrêmement fréquentes dans les pays chauds (le paludisme est la maladie infectieuse la plus répandue dans le monde), elles sont peu répandues en métropole.

Ce sont ces services de médecine tropicale qui assurent la vaccination obligatoire contre certaines maladies, comme la fièvre jaune, avant un séjour dans un pays où ce type de maladie infectieuse est endémique.

Virus et virion

Un virus est un parasite intracellulaire obligatoire, c’est-à-dire qu’il a besoin d’être présent dans une cellule, dont il utilise le matériel génétique, pour se répliquer (les virus ne se reproduisent pas, ils se répliquent). Les virus font partie des acaryotes, organismes dépourvus de noyau, d’organites et de métabolisme. Rappelons que les organismes nucléés sont des eucaryotes.

Les virus existent sous deux formes : extracellulaire, appelée virion, et intracellulaire. Sous la forme de virion, les virus  sont des objets particulaires infectieux constitués au minimum d’un acide nucléique (ADN ou ARN), enfermé dans une capside protéinique.

Sous la forme intracellulaire, le virus peut être intégré à une cellule comme élément dormant, ou au contraire détourner la machinerie de sa cellule hôte pour se répliquer.

Les virus sont classés par type de génome, en sept catégories.

  • Virus à ADN :
  1. Groupe I : virus à ADN double brin. Exemple : virus de l’herpès.
  2. Groupe II : virus à ADN simple brin. Exemple : parvovirus B19.
  • Virus à ARN
  1. Groupe III : virus à ARN double brin. Exemple : rotavirus.
  2. Groupe IV : virus à ARN simple brin à polarité positive. Exemple : virus des hépatites A, C, E.
  3. Groupe V : virus à ARN simple brin à polarité négative. Exemple : virus de la grippe ; virus Ebola.
  • Virus à ADN ou à ARN à transcription inverse.
  1. Groupe VI : rétrovirus à ARN simple brin. Exemple : VIH 1.
  2. Groupe VII : pararétrovirus à ADN double brin. Exemple : virus de l’hépatite B.

Les maladies virales (les viroses) sont souvent très contagieuses, du fait d’une contamination  interhumaine facile ; elles peuvent être responsables de pandémies, comme la grippe, dont le virus diffère d’une année sur l’autre du fait de mutations. Il faut donc produire un vaccin différent chaque année.

La grippe est une maladie à faible létalité, mais à forte mortalité, du fait du nombre de patients qu’elle affecte chaque année. A l’inverse, certaines viroses ont une très forte létalité, comme la fièvre hémorragique provoquée par le virus Ebola ; mais comme sa diffusion est limitée, la mortalité l’est également.

En 2016, c’est le virus Zika, transmis par le moustique tigre, qui a posé le plus de problèmes de santé publique dans le monde.

La virémie désigne la présence de virus (sous forme de virion) dans le sang.

Les antibiotiques sont inefficaces contre les virus. Les principales armes dont on dispose pour les combattre sont la vaccination, connue depuis fort longtemps, et les médicaments antiviraux, comme ceux qui sont utilisés dans la trithérapie dirigée contre le VIH.

Article publié le 2 février 2016

 

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